1、拔牙拔不干净：感染猪非瘟症状不明显，潜伏期较长，短期死淘率不高，很容易和其他常规疾病（副猪嗜血杆菌、链球菌、猪丹毒、猪流感、传染性胸膜肺炎）等相混淆，在发病早期通过PCR检测，通过血液和唾液不一定能够检出，病死猪的肝脏、脾脏、淋巴结可以检出，等检测结果确认为非瘟弱毒感染，猪群感染非瘟弱毒时间至少过去了7天，在这段时间，很多猪场生产依然没有停止，配种、查情、断奶、转群、免疫还在进行，等发现问题严重时，病毒早已在猪场蔓延，想拔干净几乎不可能。

　　2、双抗剔除难度大：部分猪场尝试全群高频检测，比如按照一周一次全群普检，只要检出非瘟CT值的猪只，哪怕没有任何非瘟症状一律淘汰，并且把这头猪同栏的其他猪和相邻的4头猪一并剔除，连续剔除5个月，并且严格执行生物安全流程、防交叉污染，依然无法剔除带毒猪，对剩下全部抗原阴性猪做非瘟抗体检测，这些猪外观非常健康、无任何异常，但非瘟抗体阳性率在90%以上，通过抗原抗体同时检测，最终以清群结束。

　　3、窗口期生产波动：非瘟弱毒感染场在非瘟的窗口期：发情、配种、分娩、断奶、转群、免疫等阶段容易出现波动，不同的猪场波动的情况不一样，比较普遍的是母猪在分娩前后、打疫苗后、转群后和其他应激强烈的时候出现非瘟抗原阴转阳的情况，尤其是商品猪转群，在转群之前猪只一切正常，但在转群后猪群的死淘率可达50%以上。